Zróżnicowanie rzeźby terenu oraz warunków klimatycznych, glebowych i wodnych na obszarze Wiśnicko – Lipnickiego Parku Krajobrazowego bezpośrednio przekłada się na bogactwo przyrody ożywionej. Szata roślinna ma charakter przejściowy pomiędzy górską a nizinną. W Parku dominują tereny nieleśne, jednakże coraz mniejsza ilość gruntów ornych jest użytkowana, co sprzyja ich zakrzewieniu, zalesieniu i prowadzi do naturalizacji krajobrazu. Tutejsze rolnictwo ma charakter zbliżony do tradycyjnego. Dzięki temu, na tym stosunkowo niewielkim terenie występuje duża rozmaitość siedlisk przyrodniczych, od łąk i pastwisk, zarośli i śródpolnych zadrzewień, aż po różne zespoły leśne, o składzie gatunkowym charakterystycznym dla Pogórza Karpat Zachodnich. Zdecydowaną większość flory Parku stanowią gatunki rodzime.
Zbiorowiska leśne występujące najczęściej na terenie Parku to: kwaśna buczyna niżowa, wyżynny jodłowy bór mieszany, żyzna buczyna karpacka i grąd subkontynentalny. Wzdłuż cieków wodnych występują łęgi: olszowo – jesionowy oraz podgórski, a także bagienna olszyna górska. W lasach nie brakuje gatunków charakterystycznych dla poszczególnych typów zbiorowisk (m.in. kopytnika pospolitego, miodunki ćmej, wawrzynka wilczełyko, kosmatki owłosionej, widłaka jałowcowatego, przytuli okrągłolistnej, konwalijki dwulistnej).
Często występującymi zbiorowiskami nieleśnymi są łąki świeże, rajgrasowe oraz łąki ostrożeniowe. Wilgotne łąki bogate są w storczyki np.: kukułka plamista i szerokolistna, a także buławnik mieczolistny. Gatunki górskie we florze Parku to m. in.: ciemiężyca zielona, bodziszek żałobny, przywrotnik prawie nagi, goryczka trojeściowa oraz przetacznik górski. Występują tu również subendemity karpackie: żywiec gruczołowaty i żywokost sercowaty. Na całym obszarze Parku wiele jest gatunków zagrożonych i objętych ochroną prawną. Należą do nich na przykład: buławnik wielkokwiatowy, paprotnik kolczysty, widłak wroniec czy lilia złotogłów.
Występuje tu też sporo gatunków grzybów, w tym jadalnych, jak borowik szlachetny, podgrzybek brunatny, czubajka kania. Na obszarach podmokłych i bagnistych występują m. in. skrzyp bagienny i olbrzymi, wełnianka wąskolistna i szerokolistna, kozłek całolistny i turzyca pospolita, a na torfowiskach bobrek trójlistkowy.