Charakterystyczną cechą obszaru Parku jest wyraźnie piętrowy układ roślinności. Część Parku to teren położony do wysokości 500 m n.p.m. To piętro pogórza, na którego obszarze dominują pola uprawne i łąki, a obok nich występują spore połacie lasów mieszanych z udziałem lipy, graba, buka i brzozy. Na obrzeżach potoków, nad Popradem i Dunajcem, występują łęgi olszowe oraz zarośla szuwarowe z mozgą trzcinową, manną fałdowaną, skrzypem bagiennym oraz trzciną pospolitą.
Przejście do regla dolnego, sięgającego do wysokości 1100 m n.p.m. zaskakuje bogatym wiosną runem, ze śnieżyczką przebiśniegiem, kokoryczą pełną, różnymi gatunkami żywca, konwalią dwulistna, czosnkiem niedźwiedzim, a także znanym z dekoracyjności parzydłem leśnym. Jest to kraina jodły i buka, które z udziałem innych gatunków domieszkowych tworzą siedlisko buczyny karpackiej. U podnóża drzewostanu można tu spotkać także zawilca gajowego czy pierwiosnka lekarskiego, a latem posilić się owocami malini poziomek.
W obrębie tego piętra oprócz lasów występują śródleśne łąki i pastwiska. Do najbardziej wartościowych gospodarczo należą: łąka rajgrasowa z dominującym rajgrasem wyniosłym, złocieniem i dzwonkiem rozpierzchłym oraz łąka mieczykowo – mietlicowa z pięknym mieczykiem dachówkowatym i mietlicą pospolitą. Na szczególną uwagę zasługują tu chronione: dziewięćsił bezłodygowy oraz liczne gatunki storczyków.
Regiel górny, występujący powyżej 1100 m n. p. m., to mało zróżnicowany bór świerkowy z borówczyskami.
Jednak i tu występują osobliwości przyrodnicze. Są nimi choćby ciepłolubne rośliny alpejskie jak kuklik górski czy pięciornik złoty. Na terenie Parku występują jedyne w Polsce stanowiska kwitnącego na jesieni głogu wielkoowocowego. Wartym uwagi jest ponadto występowanie endemicznego pierwiosnka omączonego, który wraz z cebulicą dwulistną znajduje się w Polskiej Czerwonej Księdze jako gatunek narażony na wyginięcie.