Na terenie Parku Krajobrazowego Orlich Gniazd występują licznie inne formy ochrony przyrody, o różnej randze ochrony. Są to rezerwaty przyrody, pomniki przyrody, użytek ekologiczny oraz obszary Natura 2000.
REZERWATY PRZYRODY
Rezerwat przyrody „Góra Stołowa im. Ryszarda Malika”
Rezerwat przyrody położony jest na północ od miejscowości Jaroszowiec. Celem ochrony jest zachowanie naturalnych zbiorowisk leśnych: żyznej buczyny sudeckiej, jaworzyny z języcznikiem, storczykowej buczyny karpackiej oraz stanowisk chronionych gatunków roślin i grzybów. Obszar ten cechuje się zróżnicowaną rzeźbą terenu.
Rezerwat przyrody „Pazurek”
Rezerwat przyrody położony na wschód od miejscowości Klucze, o charakterze leśnym z elementami przyrody nieożywionej. Na jego terenie występują zbiorowiska leśne z żyzną buczyną sudecką, buczyną storczykową, kwaśną buczyną niżową, a także liczne stanowiska rzadkich i chronionych gatunków roślin. Znajdują się tu również wapienne ostańce skalne.
Rezerwat przyrody „Michałowiec”
Rezerwat przyrody o typie florystycznym. Na jego terenie, oprócz kwaśnej buczyny niżowej, występuje naturalny fragment ciepłolubnej buczyny storczykowej z cennymi gatunkami roślin w runie. Na uwagę zasługuje przede wszystkim bardzo bogate stanowisko obuwika pospolitego – główny cel ochrony tego rezerwatu przyrody.
POMNIKI PRZYRODY
Największą liczbę pomników przyrody na terenie Parku stanowią wapienne formy skałkowe. Znajdują się one przede wszystkim w rejonie Syborowej Góry, Pomorzańskich Skałek, miejscowości Klucze oraz Doliny Wodącej. Chronione są również pojedyncze, okazałe drzewa (np. lipa drobnolistna, klon jesionolistny, tulipanowiec amerykański), rosnące w parku otaczającym dwór w Porębie Dzierżnej. Tą formą ochrony prawnej objęte jest także źródło przy Czarnym Lesie.
UŻYTEK EKOLOGICZNY
Pustynia Błędowska
Użytek obejmuje piaszczyste tereny z pozostałościami śródlądowych piasków wydmowych. Znajdują się tu interesujące formy morfologiczne, rzadkie i chronione gatunki fauny oraz flory oraz zbiorowiska muraw napiaskowych.
OBSZARY NATURA 2000
Obszar Natura 2000 Jaroszowiec
Specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 584,8 ha, obejmujący trzy izolowane enklawy: rejon Januszkowej Góry, teren rezerwatu przyrody „Pazurek” oraz rejon Stołowej Góry. Chronione są w nim głównie duże powierzchnie lasu bukowego (buczyna sudecka, storczykowa i niżowa) oraz liczne, wapienne ostańce skalne.
Obszar Natura 2000 Ostoja Środkowojurajska
Specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 5 767,5 ha, położony na granicy województwa małopolskiego i śląskiego, pomiędzy Ryczowem, Ogrodzieńcem, Rodakami i Strzegową. W jego skład wchodzą łagodne wzniesienia, poprzecinane licznymi dolinami, porośnięte głównie zbiorowiskami buczyny sudeckiej oraz jaworzyny górskiej. Znajdują się w nim również liczne formy skałkowe i związane z nimi zbiorowiska muraw naskalnych i kserotermicznych.
Obszar Natura 2000 Michałowiec
Niewielki, specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 12,1 ha, pokrywający się z rezerwatem przyrody „Michałowiec”. Na jego terenie występuje przede wszystkim ciepłolubna buczyna storczykowa oraz buczyna niżowa. Znajduje się w nim jedno z najbogatszych w Polsce stanowisk zagrożonego gatunku storczyka – obuwika pospolitego.
Obszar Natura 2000 Pustynia Błędowska
Specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 1 963,9 ha, obejmujący teren Pustyni Błędowskiej oraz leśne tereny nad rzeką Biała Przemsza. Jest to śródlądowy obszar występowania piasków z interesującymi formami eolicznymi, na których rozwinęły się siedliska muraw napiaskowych i wydm śródlądowych z murawami szczotlichowymi.