Duża różnorodność geomorfologiczna Parku Krajobrazowego Dolinki Krakowskie i związane z nią zróżnicowane warunki siedliskowe, determinują bogactwo florystyczne tego obszaru. Swoje zasięgi mają tu zarówno formy górskie jak i nizinne. Wpływ różnych czynników klimatycznych i środowiskowych, w tym wielowiekowa działalność człowieka i zmiany w sposobie użytkowania ziemi, doprowadziły do wytworzenia wielu różnorodnych, a często też charakterystycznych formacji roślinnych. Siedliska roślinne występujące na terenie Parku tworzą mozaikę, w której stosunkowo niewielkie obszary leśne przeplatają się z terenami zamieszkanymi przez człowieka i zagospodarowanymi rolniczo.

Spośród kilkunastu występujących na obszarze Parku zespołów leśnych, godnym uwagi jest buczyna karpacka z charakterystycznym dla niej żywcem gruczołowatym. Oprócz tego gatunku, runo tworzą między innymi zawilec gajowy, kopytnik pospolity, szczyr trwały czy czworolist pospolity. Ten reliktowy zespół górski występuje głównie na cienistych zboczach podkrakowskich dolin. Miejsca nasłonecznione, takie jak skaliste zbocza, porasta ciepłolubna buczyna storczykowa. W wilgotnych i podmokłych dnach dolin częste są lasy łęgowe oraz olszynowe.

Nieodłącznym elementem flory tego Parku, oprócz lasów, są bogate w gatunki zielne zbiorowiska murawowe. Z podłożem skalistym, którego tu nie brak, związane są ściśle murawy naskalne, między innymi z kostrzewą bladą lub wiechliną spłaszczoną.

Liczniejsze i bardziej zróżnicowane są występujące na suchym podłożu wapiennym murawy kserotermiczne. Najbardziej rozpowszechniona jest jej kwiecista odmiana z między innymi lebiodką pospolitą. Rzadziej spotyka się murawę z omanem wąskolistnym oraz z szałwią łąkową. Występują również murawy kserotermiczne suche, trawiaste. Wśród roślin je tworzących na terenie Parku spotkać można wiele gatunków cennych, objętych ochroną całkowitą lub częściową. Do takich należą np. dziewięćsił bezłodygowy czy zaraza goryczelowa.