Na terenie Parku zinwentaryzowano blisko 800 gatunków roślin naczyniowych, ok. 160 gatunków mszaków, ok. 250 gatunków grzybów wielkoowocnikowych i ponad 100 gatunków porostów. Szata roślinna Parku jest urozmaicona – występują tu gatunki górskie, nizinne oraz przejściowe, charakterystyczne dla pogórza.
Ważnym składnikiem flory są zbiorowiska leśne, które zajmują około 45% powierzchni. Jednym z najczęściej występujących jest żyzna buczyna karpacka, składająca się głównie z buka i jodły, w mniejszym stopniu ze świerka a czasami również jawora. W warstwie runa można stwierdzić występowanie wczesnowiosennych roślin, takich jak: żywiec gruczołowaty, czy zawilec gajowy. Żyzna buczyna karpacka porasta między innymi wzniesienia w okolicach Jamnej, Kątów, Borowej czy Ciepielówki. Kolejnym, częstym zbiorowiskiem leśnym są wyżynne jodłowe bory mieszane. Drzewostan tworzy jodła z większym lub mniejszym udziałem buka, sosny i dębu. Warstwę podszytu tworzy m.in. jarząb i kruszyna. W runie zauważyć można np. borówkę czarną, widłaka jałowcowatego, gajowca żółtego, narecznicę samczą, orlicę pospolitą czy jeżynę gruczołowatą. Wyżynne jodłowe bory mieszane występują m.in. w okolicach Policht, Kąśnej Górnej i Kąśnej Dolnej. Kolejne, licznie spotykane zbiorowisko to kwaśna buczyna górska. Odznacza się ono uboższym składem gatunkowym, zarówno w warstwie drzewostanu, jak i runa. Drzewostan tworzy buk z nieznaczną domieszką jodły, świerka, rzadziej jaworu. Zbiorowisko kwaśnej buczyny można spotkać w okolicach m.in. Jastrzębi, Kątów czy Kąśnej Górnej. Niższe partie wzniesień na terenie Parku porasta grąd subkontynentalny, którego głównymi gatunkami są: grab zwyczajny, lipa drobnolistna oraz dąb szypułkowy. W warstwie krzewów, poza podrostem dominuje leszczyna, trzmielina brodawkowata a wśród roślin zielnych spotkać można zawilca gajowego oraz turzycę orzęsioną. Na terenie Parku występuje wiele gatunków objętych ochroną gatunkową. Występują tu m.in.: różne gatunki storczyków, a wśród nich kukułka Fuchsa, buławnik mieczolistny, kruszczyk błotny czy kruszczyk siny. Wśród chronionych paproci wymienić można takie jak paprotnik kolczysty, paprotnik Brauna, pióropusznik strusi i podrzeń żebrowiec a wśród widłakowatych wyróżnić należy takie jak: widłak goździsty, jałowcowaty i wroniec widlasty.
Pisząc o lasach nie sposób nie wspomnieć o występujących tu grzybach, a szczególnie o gatunkach rzadkich w skali kraju. Wartymi uwagi reprezentantami mykobioty Parku są: soplówka jodłowa, maczużnik nasięźrzałowy, szyszkowiec łuskowaty, czy siedzuń sosnowy. Poza tym występuje tu duża różnorodność chętnie zbieranych gatunków jadalnych takich jak: borowik szlachetny, czubajka kania, podgrzybek brunatny czy borowik ceglastopory.
Jednymi z najciekawszych zbiorowisk nieleśnych na terenie Parku są naturalne zespoły roślinności naskalnej, porastające wychodnie piaskowca ciężkowickiego, m. in. pomnik przyrody „Diable Boisko” koło Pławnej oraz skały w rezerwacie przyrody „Skamieniałe Miasto”. Warte uwagi są też występujące na zboczach dolin płaty roślinności o charakterze muraw kserotermicznych z kłosownicą pierzastą i ciemiężykiem białokwiatowym.